سيد محمّد حجت نيز وصى گرديد . پس از وفات حائرى از بين بردن حوزهء علميهء قم يكى از اهداف رضا خان بود ، و با توسل به شيوه‌هاى مختلف مىخواست حوزه را متلاشى سازد . در آن دوران سخت آيت‌اللّه صدر با دو يار ديگرش آيت‌اللّه سيد محمّد تقى خوانسارى و آيت‌اللّه سيد محمّد حجت سرپرستى حوزهء علميه را به عهده گرفتند ، و براى حفظ و توسعهء حوزهء مقدسه تا آنجا كه توانائى داشتند كوشيدند ، و به حمد اللّه موفق هم شدند و حوزهء علميهء كنونى را بايد از ثمرات آن كوششها و مجاهدتها دانست . صدر روزى دو درس مىفرمود و در حوزهء درس او حدود چهارصد نفر شركت و استفاده مىكردند . آثار علمى ايشان 1 - المهدى ، كتابى است شامل رواياتى كه در كتابهاى اهل تسنن پيرامون حضرت امام زمان ( عجل اللّه تعالى فرجه ) وارد شده است . بايد بدانيم كه پيش از اين تأليف ، كتابى در اين زمينه با آن نظم و ترتيب خاص نگاشته نشده و كارى كاملا ابتكارى بود ، و پس از آن « منتخب الاثر » به همان سبك با توسعهء بيشتر تأليف شد . كتاب « المهدى » به فارسى ترجمه شده و هم اصل و هم ترجمه به چاپ رسيده است . 2 - خلاصة الفصول ، در حوزه‌هاى علميهء كتاب « قوانين » ميرزاى قمى و « فصول » شيخ محمّد حسين اصفهانى كتاب درسى بود ، ولى به خاطر طولانى بودن اين دو كتاب معمولا طلاب موفق به خواندن همهء آنها نمىشدند و بخشى از يكى از اين دو كتاب اكتفا مىكردند ، آن مرحوم با تلخيص كتاب فصول مىخواستند اين كتاب جايگزين آن دو كتاب شده و در حوزه‌ها تدريس شود ، تا طلاب پيش از مشغول شدن به كتاب « رسائل » و « كفايه » يك دورهء اصول را در سطح بالاتر از كتاب « معالم » ديده باشند . كتاب خلاصة الفصول يك‌بار چاپ شده است .